该片讲述了以木木豆为首的四位小侦探各展所长破获各个星球离奇案件的故事。
以木木豆为首的四位小侦探顺着父亲留下的笔记，前往各个星球搜寻神秘组织的蛛丝马迹，沿途成功破获各种离奇案件，最后协助宇宙安全局成功捣毁神秘组织，解除宇宙危机。
在宇宙星际空间，一日，木木豆的父亲木森突然失踪了，留下一封信，让木木星好好管理四人侦探事务所，于是木木星开始了重振事务所的故事。
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